Pérez schrieb Filmkritiken, leitete Kinodebatten und schloss 1970 sein Sprach- und Literaturstudium an der Universität von Havanna ab. Im Anschluss arbeitete er als Regieassistent und nebenbei als Russischlehrer. Pérez drehte zahlreiche Dokumentarfilme, bevor er 1987 seinen ersten Spielfilm realisierte.
Seine beiden Filme La vida es silbar (Das Leben ein Pfeifen) und Suite Havanna zählen zu den Meilensteinen des kubanischen Kinos und erhielten zahlreiche Preise. So u.a. den Spezialpreis der Jury beim Sundance Film Festival, den SIGNIS Award beim San Sebastian International Film Festival, den von der Spanischen Filmakademie verliehenen Goya Award sowie den Preis der C.I.C.A.E. (Confédération Internationale des Cinémas d’Art et d’Essai) im Internationalen Forum der Berlinale. Neben den Auszeichnungen, die er für seine Tätigkeit als Regisseur und Drehbuchautor erhielt, wurde Fernando Pérez 1982 mit dem Premio Casa de las Américas für sein Buch Corresponsales de guerra geehrt, in dem er den Kampf junger Cineasten gegen das Somoza-Regime in Nicaragua beschreibt. Fernando Pérez war von 1993 bis 1995 Akademischer Direktor der Internationalen Hochschule für Film und Fernsehen in San Antonio des los Baños. Darüber hinaus unterrichtete er als Professor für Filmgeschichte an der Universidad de la Habana. Zuletzt veröffentlichte er 2010 den Film José Martí, El ojo del canario. Er ist verheiratet mit der deutschen Regisseurin Claudia von Alemann und lebt in Havanna.